1、防火問題：箱式變電站一般為全密封無人值守運轉，盡管全部設備無油化運轉且裝有遠方煙霧報警體系，可是箱體內依然存在火災隱患，如：電纜、補償電容器等，一旦突發火災，不利于通風，也不利于火災的撲救，因此應考慮設計自動滅火體系，但這樣會添加箱式變電站的制作成本。

2、擴容問題：箱式變電站因為受體積及制作成本所限，出線間隔的擴展裕度小，如想在原箱體中再添加1～2個出線間隔是比較困難的，必須再添加箱體才干做到。

3、檢修問題：因為箱式變電站在制作時考慮制作成本及箱體體積所限，使箱式變電站的檢修空間較小，不利于設備檢修，特別是事端搶修，這是箱式變電站的先天不足，是無法戰勝的缺點。